Anadolu'nun güneyinde, Türkiye Cumhuriyeti'nin sınır vilayetlerinden biri olan Hatay ilinin yönetim merkezi Antakya, 36 10' kuzey enlemi ve 36 06' doğu boylamı  ile yurdumuzun en güneyinde yer alan kent niteliğindeki yerleşme merkezidir.   
 
          Akdeniz  iklim bölgesinin doğu ucunda, kıyıdan 22 km. kadar içerde olar kentin denizden yüksekliği yaklaşık 80 m.dir. Kuzeyde Amanos Dağları (Nur Dağları) ile güneyde Kel Dağ (Cebel-i Akra) arasında kalan Aşağı Asi Vadisi'nin başlangıcında, Kel Dağı'nın kuzeydoğusunda, 440 m. rakımlı Habib-i Neccar Dağı'nın eteklerindedir. Kentin kuzeydoğusuna doğru gelişen ve  Hatay çöküntü alanının ortasında yer alan Amik Ovası, zirai potansiyeli çok yüksek kalın bir alüvoyal toprak tabakası ile kaplı olup, aynı zamanda ilin en büyük toprak düzlüğünü oluşturur. 
Başta Asi Nehri olmak üzere, Karasu ve Afrin Çayı ile beslenen Amik Ovası'nda, yakın zamanlara kadar Amik Gölü adı ile bilinen bir göl vardı. Ancak uzunluğu 16 km., genişliği 10 km. olan gölün ve göl çevresindeki bataklıklarla beraber 310 km2'yi bulan arazinin bir bölümünün kurutulması ile göl kayboldu. DSİ tarafından yürütülen ve 1955 yılında başlayıp 1980 yılında tamamlanmış olan kurutma işlemi sonucunda elde edilen zirai verimi yüksek topraklar çiftçilere dağıtılarak tarıma açılmıştır.  
 Antakya'nın ortasından geçen ve ovanın kurutulması çalışmaları sırasında nehir yatağının kentin içinden geçen kısmı ıslah edilerek düzgün bir kanal haline getirilmiş, Antik Çağ'ın Orontes'i olan günümüzün Asi Nehri'nin kaynağı, Lübnan Dağları'dır. 
 Amanoslar ile Keldağ arasında bir yatak oluşturan Asi Nehri'nin toplam uzunluğu 380 km. olup, nehrin büyük bölümü Suriye toprakları içinde bulunmaktadır. 
          Kuzey yönünde yaklaşık 30 km. boyunca Türkiye-Suriye sınırını oluşturacak şekilde akan Asi Nehri, topraklarımıza girdikten sonra batıya döner ve bugün hemen hemen tümü kurutulmuş olan Amik Gölü'nün ayağı Küçük Asi ile birleştikten sonra güneydoğu doğrultusuna yönelir ve  yaklaşık 40 km. sonra Samandağ'ın güneyinde bir delta oluşturarak Akdeniz'e kavuşur. Antik çağda küçük tonajlı nehir gemilerinin seyrüseferine imkan veren ve Antakya'yı asırlar boyu Akdeniz'e bir su yolu ile bağlanmış olan Asi Nehri'nin bugün akıttığı ortalama su miktarı, kentin içinde 5.04 m3/sn.dir. Asi'nin Antakya içinden geçen ve bir kanal haline getirilmiş olan yatağı, yaklaşık 2 km. uzunluğunda ve 30-35 m. genişliğindedir. 
          Kentin kuzeydoğusunda, üzerinde Demir Kapı'nın yer aldığı, St. Piyer Kilisesi yakınından geçen ve bir  sel yatağı niteliğinde olan Hacı Kürüş Deresi ile güneybatıdaki Hamşen Deresi (Memekli Köprü'nün altından ve kışlanın yanından geçen) Habib Neccar Dağı'ndan doğarak Asi'ye doğru akan iki önemli su yatağıdır. XIX. yüzyıldan beri nehrin karşı tarafında, kuzeybatıdaki düzlüklerde kurulan yeni mahallelerle büyüyerek kendi mimari karakteri içinde gelişen Yeni Antakya'yı nehir ile Habib Neccar Dağı arasında kalan Eski Antakya'ya bağlayan dört köprüden üçü, bulundukları yer ve malzemeleri itibariyle tamamiyle yeni köprülerdir. İçlerinde en eskisi olan dördüncü köprü ise asırlarca yaya ve araç trafiğine hizmet etmiş olan eski köprünün bulunduğu yerde, modern malzeme kullanılarak inşa edilmiş, yeni bir köprüdür.  

Amik Gölü'nün Asi Nehri aracılığı ile kurutulması projesi çerçevesinde, Asi'nin genişletilmesi ve yatağının taranması çalışmaları sırasında kentin Roma Çağı'ndan beri ayakta duran bu ünlü taş köprüsü (ki Diocletian zamanında yapıldığı tahmin edilir), 1972 yılında Hunharca ve acımasızca  yıkılarak yerine bugünkü betonarme köprü inşa edilmiştir. 

 

 

 

Tepelerin zirvelerine tırmanarak kenti çepeçevre saran sur kalıntıları ve kalesiyle kentin adeta simgesi olan ve eteklerinde Antakya'nın kurulu olduğu Habib Neccar Dağı, kenti güneybatı-kuzeydoğu istikametinde sınırlayan bir dizi tepelerin oluşturduğu doğal bir engeldir.
Antakya ve civarında Akdeniz iklim tipi egemendir. Bu nedenle kentte yazlar sıcak  ve kurak, kışlar ılık ve yağışlı geçer. Ancak, kıyı şeridi ile dağların arka kısımları ve yükseltisi fazla olan yerler arasında iklim koşullarındaki bölgesel farklar nedeniyle Antakya'daki iklim koşulları kıyı şeridine kıyasla biraz farklılık gösterir. Bu nedenle sıcaklık, kıyılarda yüksek değerlerde kalır. Yazların, kıyı şeridine kıyasla daha serin geçmesinin bir nedeni de en sıcak ortalamaların kaydedildiği ayların aynı zamanda, Antakya'da rüzgarın en hızlı  estiği ve en çok esme sayısına ulaştığı aylar oluşudur. 
         Antakya'da yıllık sıcaklık ortalaması 18.2 derecedir. En yüksek sıcaklık 26 Ağustos 1962'de 43.9 derece, en düşük sıcaklık ise 15 Ocak 1950'de -14.6 derece olarak kaydedilmiştir. Yılın 148.2 günü açık, 156.2 günü bulutlu, 60.5 günü kapalı  geçmektedir. Antakya'da yaz günleri ortalaması yılda 172 gündür. Kış günü genellikle görülmez. Donlu günler yıllık ortalaması 7 gün, karlı günler yıllık ortalaması ise 0.9 gündür. Antakya'da yıllık ortalama nem oranı %69'dur. 
         Antakya'da kış aylarında en yüksek değerlere ulaşır. Sonbahar ve ilkbahar daha az yağış alan aylardır. Temmuz ve Ağustos aylarında hiç yağış almayan Antakya'da yıllık yağış ortalaması 1173.4 mm.dir. Özellikle bahar aylarındaki sağanaklar meşhur olup kısa bir süre içinde kentin sokaklarını dereler haline getirir.